食品用蛋白化に変換される植物・動物性廃棄物は安全性の面から限定される。多くは蛋白含量の高い動物性廃棄物であり、直接、食品には向かないもので血液、毛髪、角質、蹄などや余剰食品を利用することが多い。

　一般的な処理方法については、まず材料を破砕し均質化する（ホモジネートする）。次に通常希塩類水溶液で抽出後、適当なpH下で硫酸アンモニウムなどで塩析を行って粗蛋白質を得る。最終的には各種のクロマトグラフィーやゲルろ過などを用いて精製する。出発材料（廃棄物）、用途によって、さらに酵素あるいは微生物で処理したり、物理化学的処理を行う。

　以下にいくつかの例を示す。

・コラーゲンを酵素や酵母で処理して低分子化する。

・牛乳中に含まれるカゼインカルシウム(CPP)を酵素処理してカゼイン・カルシウムペプチド（CCP）を得る。CCPはカルシウムの吸収を促進する。

・かつお節に酵素を作用させて血圧降下作用を有するペプチドを生産する。

・小麦ふすまを整腸性をもたせる。分子量が20万〜40万で組織構造の維持、細菌侵入の防御を担っているヒアルロン酸は、動物の関節液、臍帯、鶏のトサカなどから抽出される。

・トウモロコシ抽出ペプチド、大豆グロブリンなどの植物性蛋白もおのおのの材料から酵素処理、化学処理により抽出される。

　また、種々の酵素を生産するための技術開発も行われている。