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修飾(modified)塩基リスト

別添1

修飾(modified)塩基リスト

注:これらの記号は、配列表中の「数字見出し<223>(他の情報)」の項及び発明の詳細な説明において使用し、「数字見出し<400>(配列)」の項では使用してはならない。

記号

意味

ac4c

4-アセチルシチジン
(4-acetylcytidine)

chm5u

5-(カルボキシヒドロキシメチル)ウリジン
(5-(carboxyhydroxymethyl)uridine)

cm

2'-O-メチルシチジン
(2'-O-methylcytidine)

cmnm5s2u

5-カルボキシメチルアミノメチル-2-チオウリジン
(5-carboxymethylaminomethyl-2-thiouridine)

cmnm5u

5-カルボキシメチルアミノメチルウリジン
(5-carboxymethylaminomethyluridine)

d

ジヒドロウリジン
(dihydrouridine)

fm

2'-O-メチルプソイドウリジン
(2'-O-methylpseudouridine)

gal q

β、D-ガラクトシルキュェオシン
(β,D-galactosylqueuosine)

gm

2'-O-メチルグアノシン
(2'-O-methylguanosine)

i

イノシン
(inosine)

i6a

N6-イソペンテニルアデノシン
(N6-isopentenyladenosine)

mla

1-メチルアデノシン
(1-methyladenosine)

mlf

1-メチルプソイドウリジン
(1-methylpseudouridine)

mlg

1-メチルグアノシン
(1-methylguanosine)

mli

1-メチルイノシン
(1-methylinosine)

m22g

2、2-ジメチルグアノシン
(2,2-dimethylguanosine)

m2a

2-メチルアデノシン
(2-methyladenosine)

m2g

2-メチルグアノシン
(2-methylguanosine)

m3c

3-メチルシチジン
(3-methylcytidine)

m5c

5-メチルシチジン
(5-methylcytidine)

m6a

N6-メチルアデノシン
(N6-methyladenosine)

m7g

7-メチルグアノシン
(7-methylguanosine)

mam5u

5-メチルアミノメチルウリジン
(5-methylaminomethyluridine)

mam5s2u

5-メトキシアミノメチル-2-チオウリジン
(5-methoxyaminomethyl-2-thiouridine)

man q

β、D-マンノシルキュェオシン
(β,D-mannosylqueuosine)

mcm5s2u

5-メトキシカルボニルメチル-2-チオウリジン
(5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridine)

mcm5u

5-メトキシカルボニルメチルウリジン
(5-methoxycarbonylmethyluridine)

mo5u

5-メトキシウリジン
(5-methoxyuridine)

ms2i6a

2-メチルチオ-N6-イソペンテニルアデノシン
(2-methylthio-N6-isopentenyladenosine)

ms2t6a

N-((9-β-D-リボフラノシル-2-メチルチオプリン-6-イル)カルバモイル)トレオニン
(N-((9-β-D-ribofuranosyl-2-methylthiopurine-6-yl)carbamoyl)threonine)

mt6a

N-((9-β-D-リボフラノシルプリン-6-イル)N-メチルカルバモイル)トレオニン
(N-((9-β-D-ribofuranosylpurine-6-yl)N-methylcarbamoyl)threonine)

mv

ウリジン-5-オキシ酢酸-メチルエステル
(uridine-5-oxyacetic acid-methylester)

o5u

ウリジン-5-オキシ酢酸
(uridine-5-oxyacetic acid)

osyw

ワイブトキソシン
(wybutoxosine)

p

プソイドウリジン
(pseudouridine)

q

キュェオシン
(queuosine)

s2c

2-チオシチジン
(2-thiocytidine)

s2t

5-メチル-2-チオウリジン
(5-methyl-2-thiouridine)

s2u

2-チオウリジン
(2-thiouridine)

s4u

4-チオウリジン
(4-thiouridine)

t

5-メチルウリジン
(5-methyluridine)

t6a

N-((9-β-D-リボフラノシルプリン-6-イル)カルバモイル)トレオニン
(N-((9-β-D-ribofuranosylpurine-6-yl)carbamoyl)threonine)

tm

2'-O-メチル-5-メチルウリジン
(2'-O-methyl-5-methyluridine)

um

2'-O-メチルウリジン
(2'-O-methyluridine)

yw

ワイブトシン
(wybutosine)

x

3-(3-アミノ-3-カルボキシプロピル)ウリジン、(acp3)u
(3-(3-amino-3-carboxypropyl)uridine、(acp3)u

 別添2

修飾(modified)又は異常(unusual)アミノ酸リスト

注:これらの記号は、配列表中の「数字見出し<223>(他の情報)」の項及び発明の詳細な説明において使用し、「数字見出し<400>(配列)」の項では使用してはならない。

記号

意味

Aad

2-アミノアジピン酸
(2-Aminoadipic acid)

bAad

3-アミノアジピン酸
(3-Aminoadipic acid)

bAla

β-アラニン、β-アミノプロピオン酸
(β-Alanine, β-Aminopropionic acid)

Abu

2-アミノ酪酸
(2-Aminobutyric acid)

4Abu

4-アミノ酪酸、ピペリジン酸
(4-aminobutyric acid, piperidinic acid)

Acp

6-アミノカプロン酸
(6-Aminocaproic acid)

Ahe

2-アミノヘプタン酸
(2-Aminoheptanoic acid)

Aib

2-アミノイソ酪酸
(2-Aminoisobutyric acid)

bAib

3-アミノイソ酪酸
(3-Aminoisobutyric acid)

Apm

2-アミノピメリン酸
(2-Aminopimelic acid)

Dbu

2,4-ジアミノ酪酸
(2,4-Diaminobutyric acid)

Des

デスモシン
(Desmosine)

Dpm

2,2'-ジアミノピメリン酸
(2,2'-Diaminopimelic acid)

Dpr

2,3-ジアミノプロピオン酸
(2,3-Diaminopropionic acid)

EtGly

N-エチルグリシン
(N-Ethylglycine)

EtAsn

N-エチルアスパラギン
(N-Ethylasparagine)

Hyl

ヒドロキシリジン
(Hydroxylysine)

aHyl

アローヒドロキシリジン
(allo-Hydroxylysine)

3Hyp

3-ヒドロキシプロリン
(3-Hydroxyproline)

4Hyp

4-ヒドロキシプロリン
(4-Hydroxyproline)

Ide

イソデスモシン
(Isodesmosine)

aIle

アローイソロイシン
(allo-Isoleucine)

MeGly

N-メチルグリシン、サルコシン
(N-Methylglycine, sarcosine)

MeIle

N-メチルイソロイシン
(N-Methylisoleucine)

MeLys

6-N-メチルリジン
(6-N-Methyllysine)

MeVal

N-メチルバリン
(N-Methylvaline)

Nva

ノルバリン
(Norvaline)

Nle

ノルロイシン
(Norleucine)

Orn

オルニチン
(Ornithine)

 別添3

特徴を表す記号(Feature Key)リスト

1.塩基配列における特徴を表す記号

以下に列挙する特徴を表す記号(Feature Key)は、「DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table(外部サイトへリンク)」において定義された記号である。

記号

  • allele
  • attenuator
  • C_region
  • CAAT_signal
  • CDS
  • conflict
  • D-loop
  • D-segment
  • enhancer
  • exon
  • gene
  • GC_signal
  • iDNA
  • intron
  • J_segment
  • LTR
  • mat_peptide
  • misc_binding
  • misc_difference
  • misc_feature
  • misc_recomb
  • misc_RNA
  • misc_signal
  • misc_structure
  • modified_base
  • mRNA
  • mutation
  • N_region
  • old_sequence
  • polyA_signal
  • polyA_site
  • precursor_RNA
  • prim_transcript
  • primer_bind
  • promoter
  • protein_bind
  • RBS
  • repeat_region
  • repeat_unit
  • rep_origin
  • rRNA
  • S_region
  • satellite
  • scRNA
  • sig_peptide
  • snRNA
  • source
  • stem_loop
  • STS
  • TATA_signal
  • terminator
  • transit_peptide
  • tRNA
  • unsure
  • V_region
  • V_segment
  • variation
  • 3'clip
  • 3'UTR
  • 5'clip
  • 5'UTR
  • -10_signal
  • -35_signal

2.アミノ酸配列における特徴を表す記号

以下に列挙する特徴を表す記号(Feature Key)は、「SWISS PROT Feature Table」(外部サイトへリンク)において定義された記号である。

記号

  • CONFLICT
  • VARIANT
  • VARSPLIC
  • MUTAGEN
  • MOD_RES
  • ACETYLATION
  • AMIDATION
  • BLOCKED
  • FORMYLATION
  • GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID HYDROXYLATION
  • METHYLATION
  • PHOSPHORYLATION
  • PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID
  • SULFATATION
  • LIPID
  • MYRISTATE
  • PALMITATE
  • FARNESYL
  • GERANYL-GERANYL
  • GPI-ANCHOR
  • N-ACYL DIGLYCERIDE
  • DISULFID
  • THIOLEST
  • THIOETH
  • CARBOHYD
  • METAL
  • BINDING
  • SIGNAL
  • TRANSIT
  • PROPEP
  • CHAIN
  • PEPTIDE
  • DOMAIN
  • CA_BIND
  • DNA_BIND
  • NP_BIND
  • TRANSMEM
  • ZN_FING
  • SIMILAR
  • REPEAT
  • HELIX
  • STRAND
  • TURN
  • ACT_SITE
  • SITE
  • INIT_MET
  • NON_TER
  • NON_CONS
  • UNSURE

[「塩基配列又はアミノ酸配列を含む明細書等の作成のためのガイドライン」の公表について]からリンク

[更新日 2022年6月24日]